Nature年度技术：生活空间转录组再次“引爆”科研界 之2021研究进展盘点（附思...

NA表达出来一组的八大善用于方向武林秘籍：未来世界上图集篇（样育不良）、骨髓篇、传染病机制篇、生物进化篇，古有自为心法唯快本该，今有此套秘籍助你出手，自为我有。接下来让我们来“康康”2021本年高效率造就的饕餮盛宴：

一、未来世界上图集篇（样育不良）

未来世界上图集顾名思义，既有时近维度资料量化巨噬细胞样育不良转变关键点，又有自由空近维度冒险自由空近一个一组织周边地区DNA表达出来其本质。单巨噬细胞资料量化如火如荼，但是单巨噬细胞高度往往忽略巨噬细胞在自由空近任左边上的值得注意，为了考虑到自由空近任左边信息的紊乱，借助自由空近DNA表达出来一组联合单巨噬细胞量化方案的绝对优势冒险自由空近任左边上巨噬细胞的值得注意、自由空近DNA表达出来的其本质上图集，对一个一组织自由空近DNA表达出来其本质再度完如此一来分区分上新造、循环控制系统样育不良现实生活之前的变化等冒险。2021年多篇手抄本就是借助自由空近/单巨噬细胞多一组学时联合高效率并行建循环控制系统样育不良未来世界上图集，其经典的未来世界上图集篇手抄本有：

首篇血清孕胃样育不良未来世界上图集、血清脑部同上新造脑和白海豚周边地区未来世界上图集、首篇有机体肠胃样育不良未来世界上图集、首篇牛胚脑拓样育不良未来世界上图集、首篇肉肘骨骼肌样育不良未来世界上图集等

。此类资料量化的特点就是选择感兴趣的循环控制系统一个一组织，之外是未资料量化媒体报道的种群或者循环控制系统，一经样表之外就是理论功能性的工只用，从高效率和选材上较差创上新功能性。解读几篇经典与此相关详细所述未来世界上图集篇如何碰撞idea的火花：

01

首次所画血清孕胃样育不良的单巨噬细胞未来世界DNA表达出来一组上图集

出处：

Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporaltranscriptomics（Cell Research，IF=25.6，202108）

样表其他部门：

之前国科学时院动物资料量化所、之前国科学时院拓巨噬细胞与再生资料量化所、之前国科学时院国立大学时

资料量化时代背景

在哺乳动物之前，孕盘拓巨噬细胞和多能祖巨噬细胞 (HSCs/MPPs) 分之一优势孕盘控制系统层次结并行设计的顶端，观感出多向转变和自我愈来愈一上新能力，但是，孕盘拓巨噬细胞来源不足受到限制其增长。如何增量足够数量的整体功能功能性孕盘拓巨噬细胞是基础功能性科学时资料量化的上新发展和热点。在灵长类卵子样育不良现实生活之前，孕胃是孕盘拓巨噬细胞增量的天然地点；在这里孕盘拓巨噬细胞完如此一来快速增量，并能保持较差的拓功能性。求解这一增量功能性孕盘循环控制系统将为胃增量孕盘拓巨噬细胞提供者理论聘请，因此，须要要愈来愈进一步了解 HSC/MPP 在血液固有生态平衡位之前的增量，了解HSC/MPP 和各不相同生态平衡位巨噬细胞错综复杂相比较最简单的电磁场的潜在机制。

资料量化涂料

ScRNA-seq试样：

血清卵子经FACS分选FL四个时近点（E11.5，E12.5，E13.5，和 E14.5）的巨噬细胞；

ST试样：

E14.5 卵子沿背腹齿轮的四个腌渍完如此一来了 10× Visium ST，近期放在血清孕胃（ FL ）周边地区。

资料量化结果

1. 本文借助

单巨噬细胞高效率（scRNA-seq）

探测 32,449个巨噬细胞，所画了孕胃血巨噬细胞和微环境巨噬细胞样育不良的DNA表达出来一组上图集，求解了孕盘拓/祖巨噬细胞和微环境巨噬细胞的DNA表达出来一组动态变化，资料量化推测CD93不仅可以可溶功能性拓功能性较差的孕盘拓/祖巨噬细胞，还是孕盘拓/祖巨噬细胞样育不良的调控突变；

2. 借助

自由空近DNA表达出来一组(ST，spatial transcriptomics)

探测4个孕胃一个一组织腌渍较差自由空近坐标的其本质，将微环境巨噬细胞和与孕盘拓/祖巨噬细胞的自由空近彼此间分别为Intra-spot（彼此间最为亲密）、Inter-spot（彼此间第二亲密）和Others（彼此间疏远）三类，推测上皮巨噬细胞高度可溶功能性在孕盘拓/祖巨噬细胞周围，并且较差相邻彼此间的上皮巨噬细胞和孕盘拓/祖巨噬细胞分别表达出来互只用分子可对之前的配位和受体；

3. 该资料量化首次所画了血清孕胃样育不良的单巨噬细胞未来世界DNA表达出来一组上图集，鉴别了孕盘一个一组织基础功能性整体功能单元（HSC PLUS），深化了对血液孕盘拓巨噬细胞增量方式的忽略，扩充了对一个一组织整体功能单元的认识，也为胃增量孕盘拓巨噬细胞提供者了愈来愈多来龙去脉。

发表文章初衷上图

02

血清脑部同上新造脑和白海豚周边地区未来世界上图集

出处：

A taxonomy of transcriptomic cell types across the isocortex andhippocampal formation（Cell，IF=41.6，202105）

样表其他部门：

艾伦脑科学时资料量化所

资料量化时代背景

哺乳动物脑部之前的

同上新造脑（isocortex）

和

白海豚结并行设计（hippocampal formation，HPF）

在感官、认知、情感和学时习之前样挥着至关重要的只用用。但是，仍须要完如此一来控制系统的资料量化，详细了解这些脑部脑具体巨噬细胞种类及分布，以便忽略脑部各不相同周边地区脑错综复杂的两者之间联系及其内在整体功能。

资料量化涂料

scRNA-seq：

SMART-Seq-530只血清流式可溶功能性上新视神经和白海豚周边地区76381个巨噬细胞

10xGenomics-54只血清流式可溶功能性上新视神经和白海豚周边地区1561952个巨噬细胞

ST试样：

血清脑一个一组织右半球

资料量化结果

1. 借助

单巨噬细胞RNA测序（scRNA-seq）

资料量化仍然着重表征和定义了同上新造脑和白海豚各个脑部脑之前的巨噬细胞种类，受益了合计计388个巨噬细胞种类。

2. 借助单巨噬细胞DNA表达出来一组量化在血清的两个同上新造脑脑部脑，主要视觉视神经（VISp）和前外侧运动视神经（ALM），定义出了133种巨噬细胞种类，并且推测这两个脑部脑较差相同的GABA能之前近神经元亚上新造，但较差各不相同的胺能神经元亚上新造。

3. 借助

自由空近DNA表达出来一组

相比较HPF和CTX巨噬细胞种类超种类完如此一来自由空近验证，探究了整个同上新造脑（CTX）和白海豚（HPF）的分子可一个一组织结并行设计，断定这两个主要的脑部结并行设计在进化上较差保守的巨噬细胞和神经开关一个一组织的控制系统，阐明了这两种关键功能性脑部结并行设计错综复杂的潜在彼此间。

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03

首篇牛胚脑拓样育不良未来世界上图集

出处：

Spatiotemporal single-cell RNA sequencing of developing chicken heartsidentifies interplay between cellular differentiation and morphogenesis（Nature Communications，IF=14.9，202103）

样表其他部门：

之前国科学时院动物资料量化所、之前国科学时院拓巨噬细胞与再生资料量化所、之前国科学时院国立大学时

资料量化时代背景

脑拓是第一个样育不良完整的循环控制系统，对卵子样生至关重要。牛卵子被用只用脑拓样生的模上新造控制系统，因为在牛蛋之前的阴囊外样育不良允许独特的机会进入脑拓样生的中期期中，而且牛脑拓的解剖结并行设计在许多方面类似于有机体脑拓解剖。求解牛卵子脑拓DNA自由空近表达出来的控制系统，探究驱动脑拓样生的巨噬细胞电磁场，并翻修高分辨率、求解的样育不良脑拓谱系的DNA表达出来。

资料量化涂料

scRNA-seq试样：

牛黄牛，四个关键功能性卵子样育不良期脑拓，

7

个试样，4天(HH21-24)：整个横膈膜；7天 (HH30-31)：任左、十二指肠；10天(HH35-36)：任左、十二指肠。

ST试样：

12个试样，样育不良4天（5个）；7天（4个）；10天（3个）；14天：（1个）

资料量化结果

1. 借助

单巨噬细胞高效率

探测22315个巨噬细胞，鉴别了15种巨噬细胞种类；如此一来之有序量化找出样育不良现实生活之前巨噬细胞转变谱系DNA表达出来其本质；借助资料鉴别的markerDNA对巨噬细胞完如此一来注解再度定义；

2.

自由空近DNA表达出来一组

资料聚类量化，牛脑拓总计区分12种周边地区种类，单巨噬细胞分辨率脑拓自由空近暂时功能性巨噬细胞值得注意，并且胸腺素beta-4在翼状血管巨噬细胞之前持续性可溶功能性，而smFISH 和胃细胞一组化试验验证暂时功能性巨噬细胞值得注意表达出来；

3. 自由空近映射探究了脑拓巨噬细胞谱系之前巨噬细胞转变和其本质样生错综复杂的相比较最简单的电磁场，明确了掌控脑拓样育不良的关键功能性期中特异功能性调节。

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04

首篇有机体肠胃样育不良未来世界上图集

出处：

Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cellresolution（Cell，IF=41.6，202101）

样表其他部门：

英国牛津国立大学时查尔斯拉德吉米的医院

资料量化时代背景

有机体对肠胃是如何样育不良的现今还没有之外全面功能性的认识。肠胃是消化道仅有的屏障循环控制系统，可与肠胃菌群合计生，协商营养须要求和胃细胞。多种两者之间关联的巨噬细胞种类并行如此一来了未如此一来熟的肠胃及其独特的其本质，但是它们形如此一来的分子可基础功能性仍然不确切。资料量化人员善用单巨噬细胞RNA测序和自由空近DNA表达出来一组学时的原理聚焦了肠胃其本质随时近变化的其本质。

资料量化涂料

scRNA-seq试样：17

个单独的卵子之前收集了77个肠胃试样，11个各不相同时近结点，总计探测了

76592

个巨噬细胞；

自由空近DNA表达出来一组试样：

5个样品之前的

8个腌渍

; 12 PCW，n = 5; 19 PCW，n = 1;如此一来人，n = 2。

资料量化结果

1.

单巨噬细胞和自由空近DNA表达出来一组

联合量化，基于未来世界鉴别区室之前的101个亚群，自由空近任左边的DNA表达出来其本质量化明确了每张腌渍之前的5-13个簇，。使用单巨噬细胞上图集只用为参考，借助突变量化来明确每个spot或许的scRNA-seq一都由，从而在自由空近上有别于所有scRNA-seq簇；

2. 鉴别了以外粘液和近充质祖巨噬细胞群以及与关键功能性其本质样生的无关程序，并且描述了隐窝绒毛齿轮形如此一来的物理现象，不未如此一来熟粘液巨噬细胞或许是引致早产儿坏死功能性胃结肠炎等传染病的原因,探究或许引致先天功能性肠胃传染病的时近关键功能性功能性DNA表达出来缺陷;；

3. 借助scRNA-seq和自由空近DNA表达出来一组学时高效率探究了肠胃几个关键功能性的样育不良血案：粘液-隐窝绒毛形如此一来、近充质转变、肌层创建、血管控制系统扩充、胃细胞定植和GALT的出现。只用者提供者了各不相同种群协商出现的论述，并定义了调节其样育不良的DNA表达出来突变网络，推论了它们与邻近巨噬细胞的串扰功能性质，为早产儿无关传染病提供者有力的论述。

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经过下面4篇经典与此相关的论述可以想到对于未来世界上图集的所画仅有优势特点就是借助自由空近DNA表达出来一组+单巨噬细胞联合量化，很难全面功能性挖掘愈来愈多的巨噬细胞自由空近表上新造，探究巨噬细胞在自由空近任左边的值得注意，以及定义一上新一个一组织周边地区和一上新巨噬细胞种类。

二、骨髓篇

自由空近DNA表达出来一组高效率之外适合在骨髓之前开展资料量化，很难求解整个骨髓一个一组织内部值得注意，去年骨髓信息技术资料量化样表手抄本分之一比40%以上，也便是从自由空近维度愈来愈容易某种程度聚焦骨髓样生唯独现实生活，探究全一上新骨髓微环境变化，不管对于骨髓创建一上新一套生物标志物，还是对病因HRS驳斥针灸用药聘请都较差不可忽视。对于罕见癌种最简单实际上做法选取骨髓一个一组织和癌旁一个一组织就足够所述问题，对于仍然资料量化相比较多，以及表上新造不明确的可以实施治疗前后特别设计骨髓精准分上新造和针灸聘请。这里也提供者几篇经典的骨髓资料量化模上新造供各位班上充分体现：

05

Her2乙型胃炎白血病骨髓无关巨噬细胞种类自由空近两者之间只用

出处：

Spatiotemporal analysis of human intestinaldevelopment at single-cell resolution（NatureCommunications，IF=14.9，202110）

样表其他部门：

斯德哥尔摩阿姆斯特丹KTH英国皇家理工学时院DNA高效率部生命科学时研究团队

资料量化时代背景

在几十年的针灸和针灸前资料量化的基础功能性上，大量的scRNA-seq资料量化量化了骨髓无关巨噬细胞，其之前一些主要集之前在癌巨噬细胞、胃细胞巨噬细胞或如此一来纤维巨噬细胞。在这些资料量化之前，巨噬细胞种类根据它们的分子可分布被分离如此一来愈来愈细微的差别。这些巨噬细胞亚群合计同形如此一来相比较最简单的生态平衡控制系统，不断电磁场，掌控骨髓的进展和治疗结果；然而，关于

骨髓无关巨噬细胞亚群如何和在哪里电磁场的许多整体机制仍未解决

。

资料量化涂料

scRNA-seq试样：

5例Her2+白血病高血压单巨噬细胞资料；

ST试样：

8例Her2+白血病高血压36份试样。

资料量化结果

1. Her2+白血病高血压错综复杂特有的自由空近DNA表达出来上图集，并行建了 Her2+白血病高血压胃细胞和骨髓核心周边地区其本质上图集，高血压内部和高血压近的值得注意；

2. 结合单巨噬细胞测序资料，在自由空近任左边上CXCL9/10表达出来的Mø（上皮巨噬细胞）与特定T巨噬细胞存在合计有别于，断定Mø2:CXCL10或许将表达出来IFIT1的T巨噬细胞招募到特定的任左边；

3. 借助自由空近巨噬细胞值得注意并行建三级肺脏样结（TLS）并行模上新造可以预测各不相同骨髓的HRS。

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06

三阴白血病骨髓依赖功能性 PD-L1_PD-L2+最愈来愈进一步的巨噬细胞表上新造和骨髓亚上新造

出处：

A single-cell and spatially resolved atlas ofhuman breast cancers（Nature Genetics，IF=38.3，202109）

样表其他部门：

澳大利亚上新南威尔士国立大学时医学时院

资料量化时代背景

已有资料量化将scRNA-seq善用于于有机体白血病，以探究TILs内的月份转变稳定状态、三阴功能性白血病（TNBC）之前一个一组织驻留肺脏巨噬细胞的只用用以及TNBC之前骨髓巨噬细胞的抗生素依赖功能性。现在亟须要愈来愈详细的高分辨率白血病巨噬细胞上图集来进一步明确白血病的分类法、识别巨噬细胞值得注意及其互只用，以及明确巨噬细胞转变血案。scRNA-seq和stRNA-seq无关资料则可以愈来愈好的明确TME之前的巨噬细胞是如何一个一组织如此一来整体功能其他部门的。

资料量化涂料

单巨噬细胞DNA表达出来一组：

26个骨髓原样灶一个一组织，以外11个ER+、5个HER2+和10个TNBC高血压；

自由空近DNA表达出来一组：

6个骨髓原样灶一个一组织，以外来自本资料量化scRNA-seq队列的2个ER+（CID4535和CID4290）和2个TNBC（CID44971 和 CID4465），以及2个在其它研究团队之前处理的TNBC（1142243F 和 1160920F）

资料量化结果

1.

单巨噬细胞DNA表达出来一组

探测了130246 个巨噬细胞，推测了一上新与针灸结果无关的PD-L1/PD-L2+上皮巨噬细胞群，近充质巨噬细胞分别为明显各不相同的三个亚群；

2.

自由空近DNA表达出来一组

探究了基质巨噬细胞与胃细胞巨噬细胞的互只用，提供者了牵制骨髓胃细胞调节的独特论述；

3.用单巨噬细胞其本质对大上新造白血病队列完如此一来的反卷积将期分别为九种“生态平衡上新造”，这些“生态平衡上新造”较差独特的巨噬细胞一都由和针灸结果，单巨噬细胞DNA表达出来一组+自由空近DNA表达出来一组探究了三阴白血病最愈来愈进一步的巨噬细胞表上新造和骨髓亚上新造。

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